Нашёл ещё одну проблему в JDK. Aqua L&F рисует "деревянные" иконки поверх других компонент. Кто-то забыл про clip: JFrame frame = new JFrame("frame");
frame.add(BorderLayout.CENTER, new JScrollPane(new JTree()));
frame.add(BorderLayout.SOUTH, new JLabel("label"));
frame.setSize(200, 100);
frame.setLocationRelativeTo(null);
frame.setVisible(true);