Перенес скрипты для работы с JDK, так они под Cygwin перестали работать. Стал разбираться и выяснил, что у них разный подход к атрибутам файлов. И если создать в FAR файл, то он не прочитается из-под bash. Решить проблему можно установкой следующей переменной окружения:
CYGWIN=nontsec